在知网上查重硕士参考文献需要按照以下步骤进行：首先登录知网账号，进入查重页面，上传待查重文献，等待系统分析比对，查看查重结果。若有重复内容，需进行修改和调整，直至通过查重。

硕士参考文献在知网上查重是为了确保学术作品的原创性和合法性，避免抄袭和重复。查重过程中要注意文献格式的规范性，避免因格式问题导致查重结果不准确。另外，及时保存和打印查重报告，以备日后需要。